Mit seinem kurzfristigen Einspringen für Christoph von Dohnányi bei der umjubelten Neuproduktion von »Salome« an der Staatsoper Unter den Linden sorgte Thomas Guggeis international für großes Aufsehen und trägt seit 2020/21 den Titel Staatskapellmeister an diesem Opernhaus. In der Saison 2021/22 erwarten ihn in dieser Position Produktionen wie »Falstaff«, »Lohengrin«, »Samson et Dalila«, »Hänsel und Gretel«, »Don Giovanni«, »Jenůfa«, »Die lustigen Weiber von Windsor« und »Elektra«. Es folgt sein Debüt an der Wiener Staatsoper mit »Salome« und »Die tote Stadt«. Letzteres dirigiert er auch an der Semperoper Dresden. Mit Konzerten wird er unter anderem bei dem Orchestre National du Capitole de Toulouse, Frankfurter Museumsorchester, Dresdner Philharmonie, Essener Philharmoniker, dem Orchestra Sinfonica di Milano Giuseppe Verdi, dem Berner Symphonieorchester und dem Boulez Ensemble zu sehen sein. Es folgen erneut Konzerte mit Mitgliedern der Berliner Philharmoniker.
Kürzliche Erfolge feierte Thomas Guggeis mit dem Requiem von Mozart und mit »Ariadne auf Naxos« an der Oper Frankfurt, zu deren Generalmusikdirektor ab der Spielzeit 2023/24 er daraufhin ernannt wurde. 
Der junge Dirigent war von 2018-2020 als Kapellmeister an der Staatsoper Stuttgart tätig, wo er u. a. bereits mit Werken wie »La Bohème«, »Il barbiere di Siviglia«, »Madama Butterfly«, »Der Prinz von Homburg« und »Der Freischütz« zu erleben war. 
Thomas Guggeis studierte Dirigieren in München und Mailand.