Noch während seiner Studien in Prag wurde Jan Ježek 1980 Solist im Operettenensemble des J.-K.-Tyl-Theaters in Pilsen. Nachdem er dort fast zehn Jahre engagiert war, ging er an das Musiktheater Karlín nach Prag. Während dieser Zeit gastierte er auch am Nationaltheater und wurde nach dem politischen Umbruch als Solist an die Prager Staatsoper verpflichtet. 1992 sang er die Partie des Jean Valjean in der tschechischen Erstaufführung von »Les Misérables« und repräsentierte die Tschechische Republik in einem Galakonzert zum 10. Jahrestag der Uraufführung des Musicals in der Londoner Royal Albert Hall. Auf der Bühne des Nationaltheaters in Prag gastierte er als Števa (»Jenůfa«), Barůch in der Uraufführung von Petr Ebens Oper »Jeremias«, Pedrillo (»Die Entführung aus dem Serail«), Monostatos (»Die Zauberflöte«), Cassio (»Otello«), Schuiskij (»Boris Godunow«), Tichon (»Katja Kabanowa«) und in Produktionen von »Carmen«, »Die verkaufte Braut«, »Dalibor« und »Rusalka« zu erleben. Mit der Charakterrolle des Hauk-Šendorf in Janáčeks »Die Sache Makropulos« gastierte Jan Ježek an der Bayerischen Staatsoper München und war in einer konzertanten Aufführung bei den BBC Proms in der Royal Albert Hall unter der musikalischen Leitung von Jiří Bělohlávek zu hören. Weitere Gastspiele führten ihn nach Frankreich, Österreich, Italien, Norwegen, Frankreich Japan und in die Niederlande und USA. Seit 2016 widmet er sich dem künstlerischen Nachwuchs als Dozent an den Musikakademien in Prag und Pilsen.