Axel Scherka begann seine musikalische Laufbahn als Neunjähriger an der Musikschule Berlin-Karlshorst im Fach Violine. Sechs Jahre später entschied er sich für das Kontrabass-Spiel und wechselte die Klasse von Carsten Mutschall. Die Liebe zu diesem Instrument mit dem weichen dunklen Ton ließ ihn fortan nicht mehr los: Er studierte an der Hochschule für Musik »Hanns Eisler« in Berlin bei Barbara Sanderling. Meisterkurse bei Klaus Stoll, Reiner Zepperitz und Wolfgang Güttler ergänzten seine Ausbildung.
Nach einem ersten Engagement im Rundfunksinfonieorchester Berlin wechselte Axel Scherka in die Staatskapelle Berlin, wo er bis heute tätig ist. Neben seiner dortigen Tätigkeit war Axel Scherka viele Jahre Mitglied des Deutschen Kammerorchesters und unterrichtete an der Musikhochschule »Hanns Eisler«, darüber hinaus musizierte er in verschiedenen kammermusikalischen Ensembles. Mit der Wahl in den Orchestervorstand der Staatskapelle Berlin (2015–2019) reduzierte er diese Tätigkeiten und engagiert sich seitdem vorrangig – mit oder ohne Kontrabass – für sein Orchester.