Geboren im Januar 1960 als Sohn eines Klavierdozenten an der HfM Dresden und einer Kindertanzpädagogin, erlernte Johannes Naumann früh das Geigenspiel. Er studierte von 1977 bis 1982 in Dresden und Leipzig an den jeweiligen Musikhochschulen bei Heinz Rudolf sowie Gudrun Schröter und wurde bereits 1974 in die Meisterklasse von Gustav Schmahl aufgenommen.

Nachdem er 1981–82 durch einen Aushilfsvertrag in der Staatskapelle Dresden gespielt hatte, wurde Johannes Naumann im August 1982 während der Ära von Otmar Suitner bei der Staatskapelle Berlin engagiert und bekleidet seit 1994 die Position des Vorspielers der zweiten Violinen. Prägend für seine künstlerische Entwicklung als Orchestermusiker war der Umstand, dass Daniel Barenboim die Staatskapelle Anfang der neunziger Jahre als Generalmusikdirektor übernahm und bis heute führt. Zahlreiche der am Haus gastierenden, bekannten Dirigenten konnte Johannes Naumann so in seiner bisherigen Wirkungszeit bei der Staatskapelle Berlin und an der Staatsoper Unter den Linden erleben und schätzen lernen.