In Wales aufgewachsen, begann Stephen Fitzpatrick im Alter von vier Jahren mit dem Klavier- und im Alter von sieben Jahren mit dem Harfenspiel. Er studierte beide Instrumente am Royal College of Music in London, später ausschließlich Harfe bei Marisa Robles in London, Edward Witsenburg in Den Haag und Sarah Bullen in Chicago. Anschließend war er in verschiedenen Orchestern engagiert, u. a. im Opernorchester in Göteborg und im Radio-Sinfonieorchester von Stockholm.
2000 wurde er von Daniel Barenboim zum Solo-Harfenisten der Staatskapelle Berlin berufen und ist außerdem seit 2007 festes Mitglied des Bayreuther Festspielorchesters. Darüber hinaus konzertierte er regelmäßig in verschiedenen Orchestern wie dem Philharmonischen Orchester Rotterdam, den Berliner Philharmonikern, der Filarmonica della Scala und dem NDR Elbphilharmonie Orchester. Als Solist und Kammermusiker spielte Stephen Fitzpatrick auf Tourneen in Europa und den USA. Er trat solistisch mit dem English Symphony Orchestra und Göteborgs Symfoniker auf. Eine seiner besonderen Leidenschaften ist die Erweiterung des Repertoires neuer Musik. So haben mehrere Komponisten neue Werke für ihn geschrieben, wovon er einige Kammermusik-Stücke für »Phono Suecia« in Stockholm aufgenommen hat. Stephen Fitzpatrick unterrichtet seit 2004 an der Barenboim-Said Akademie in Sevilla und war von 2008 bis 2011 Lehrbeauftragter an der Hochschule für Musik »Hanns Eisler« in Berlin. 2010 wurde Stephen Fitzpatrick zum Professor für Harfe an das Mozarteum Salzburg berufen.