Manuel Günther begann seine künstlerische Laufbahn als Mitglied des Internationalen Opernstudios der Hamburgischen Staatsoper und Ensemblemitglied der Bayerischen Staatsoper München. Dazu gastierte der Tenor bereits an renommierten Opernhäusern wie der Komischen Oper Berlin, der Semperoper Dresden, dem Théâtre des Champs Elysées, dem Grand Théâtre de Genève, dem Theater an der Wien, der Opera Vlaanderen (Antwerpen/Gent) sowie bei den Salzburger Festspielen (Young Singers Project), dem Glyndebourne Festival und den Innsbrucker Festwochen der Alten Musik. Dabei sang er ein breitgefächertes Repertoire, zu welchem Tamino (»Die Zauberflöte«), Don Ottavio (»Don Giovanni«), Graf Almaviva (»Il Barbiere di Siviglia«), Pedrillo (»Die Entführung aus dem Serail«), Osman (Händels »Almira«), Baron Kronthal (»Der Wildschütz«), Tanzmeister, Brighella und Scaramuccio (»Ariadne auf Naxos«), Der Steuermann Dalands (»Der fliegende Holländer«) sowie viele kleinere Opernpartien zählen.
Ebenso ist Manuel Günther im Oratoriums- und Konzertbereich erfolgreich tätig und arbeitete hier mit Dirigent:innen wie Simone Young, Daniele Gatti, Kent Nagano, Alessandro De Marchi, Rafael Frühbeck de Burgos und Cornelius Meister, u. a. zusammen. Zu Gast war er bereits in der Elbphilharmonie Hamburg, der Philharmonie Berlin und Dresden, im Gewandhaus zu Leipzig, im Brucknerhaus Linz sowie im Musikverein Wien und Graz. Bekannte Oratorien wie Mendelssohns »Paulus«, Händels »Messias«, Bachs »Matthäuspassion« und »Weihnachtsoratorium« sowie »Die Schöpfung« von Josef Haydn gehören zu seinem festen Repertoire.