Eva-Maria Weiss wurde in Bern geboren und studierte Musiktheaterregie an der Hochschule für Musik »Hanns Eisler« in Berlin. Bereits während ihres Studiums inszenierte sie in der Werkstatt der Staatsoper im Schiller Theater in Berlin Ermanno Wolf-Ferraris »Aschenputtel« und wurde dafür mit dem Götz Friedrich-Studio-Preis 2012 ausgezeichnet. Im selben Jahr übernahm sie die Regie von »Die Meistersinger von Nürnberg – für Kinder« bei den Bayreuther Festspielen. 2015 war sie am Theater Heidelberg Co-Regisseurin bei Nadja Loschkys Inszenierung von »Le nozze di Figaro«.
Seit 2013 beschäftigt sich Eva-Maria Weiss vorrangig mit Werken der zeitgenössischen Musik. Sie inszenierte die Uraufführung von Evan Gardners Kammeroper »Die Unterhändlerin« in der Tischlerei der Deutschen Oper Berlin. In weiterer Zusammenarbeit mit Evan Gardner und dem neu gegründeten jungen Ensemble »Opera Lab Berlin« entstanden die Musiktheaterprojekte »Home in a Box« im Rahmen des 100° Berlin-Festival 2014, »A.Men« beim Klangwerkstatt Festival für Neue Musik Berlin 2015 sowie »triebgesteuert« im Acker Stadt Palast in Berlin 2017. Anfang 2018 inszenierte sie Nikolaus Brass‘ Kammermusiktheater »Sommertag« in der Neuen Werkstatt der Staatsoper Unter den Linden.